Thanh toán cho hợp đồng trọn gói khi điều chỉnh biện pháp thi công

Một doanh nghiệp xây dựng X có câu hỏi như sau: Trên cơ sở kế hoạch lựa chọn nhà thầu, trong đó gói thầu thi công xây dựng A được phê duyệt như sau: Giá gói thầu A đã bao gồm chi phí dự phòng; hình thức đấu thầu là đấu thầu rộng rãi trong nước, phương thức đầu thầu là một giai đoạn, một túi hồ sơ; hình thực họp đồng là hợp đồng trọn gói; thời gian thực hiện hợp đồng là 18 tháng. Tham khảo Khoản 3, Điều 5 Thông tư số 03/2015/TT-BKHĐT ngày 06/5/2015 của Bộ Kế hoạch và Đầu tư về hướng dẫn đối với hợp đồng trọn gói, nhà thầu phải tính toán và phân bố chi phí dự phòng vào trong giá dự thầu; không tách riêng phần chi phí dự phòng mà nhà thầu đã phân bổ trong giá dự thầu để xem xét, đánh giá trong quá trình đánh giá hồ sơ dự thầu về tài chính, thương mại. Theo đó, khi tham gia dự thầu Công ty X đã nghiên cứu, tính toán tất cả các chi phí cho các yếu tố rủi ro và chi phí trượt giá có thể xảy ra trong quá trình thực hiện hợp đồng và được phân bổ vào trong đơn giá gói thầu khi tham gia đấu thầu. Công ty X đã trúng thầu gói thầu thi công xây dựng A và khi ký hợp đồng với chủ đầu tư thì giá trị hợp đồng đã bao gồm chi phí dự phòng. Hiện nay, dự án đã được thực hiện hoàn thành đưa vào sử dụng. Tuy nhiên, khi quyết toán hoàn thành, Chủ đầu tư giữ lại, không thanh toán chi phí dự phòng như theo hợp đồng đã ký kết. Vậy Công ty X muốn hỏi việc Chủ đầu tư thực hiện như trên là đúng hay sai? Chi phí dự phòng được phân bổ vào trong đơn giá gói thầu khi tham gia đấu thầu theo hướng dẫn của Bộ Kế hoạch và Đầu tư tại Khoản 3, Điều 5 Thông tư số 03/2015/TT-BKHĐT ngày 06/5/2015 được thanh toán khi nào?

Công ty chúng tôi là đơn vị tư vấn giám sát dự án. Qua công tác thi công tại hiện trường, Công ty nhận thấy theo thiết kế chiều dày lớp đất bề mặt cần bóc bỏ trung bình 0,3m nhưng thực tế thi công, do lớp đất bề mặt yếu, không bảo đảm khả năng chịu lực, hệ số đầm chặt không đạt k90 nên Công ty đề nghị bóc bỏ toàn bộ lớp đất yếu nêu trên dẫn tới chiều dày tăng lên khoảng 1,2m (chiều sâu lớp đất yếu bóc bỏ thực tế phù hợp với số liệu khảo sát địa chất). Theo thiết kế, chiều dài cọc tre gia cố nền đất là 3m, tuy nhiên thực tế khi đóng cọc tre chỉ xuống được độ sâu khoảng 1,5m đến 2m là đạt độ chối. Hình thức hợp đồng xây lắp ký giữa nhà thầu và chủ đầu tư là hợp đồng trọn gói. Hồ sơ thiết kế có khảo sát địa chất. Đại diện Công ty hỏi, khi lập hồ sơ thanh toán đơn vị tư vấn giám sát đề nghị lập bảng khối lượng chi tiết thực tế để cắt đi những khối lượng thừa (cọc tre) và bổ sung khối lượng đất bóc thiếu xác nhận phát sinh có đúng quy định không? Trách nhiệm của các bên liên quan (chủ đầu tư, tư vấn thiết kế, tư vấn thẩm tra, tư vấn giám sát, nhà thầu) đối với trường hợp hợp đồng trọn gói đến đâu?